哀牢山是国家级森林生态系统类型保护区，归林业部门管理。跨楚雄、普洱、玉溪3州市的楚雄、双柏、南华、新平、景东、镇沅六县市，面积67700公顷。1981年筹建，1986年3月批准为省级自然保护区，1988年升为国家级自然保护区。2003年8月，南华大中山省级自然保护区并入。

区内记录有高等植物207科720属1486种，其中蕨类123种，裸子植物15种，被子植物1344种，其中有国家重点保护植物24种，云南省重点保护植物7种，另有大型真菌94种。记录有野生动物474种，其中兽类86种，鸟类323种，两栖类26种，爬行类39种，有国家和省级保护动物46种，其中国家Ⅰ级保护动物黑长臂猿、云豹等6种，Ⅱ级39种，省级2种，云南特有动物49种，有昆虫300余种。自然保护区乔木中，倒卵叶石栎、白穗石栎、旱地油杉等是哀牢山特有。动物中的哀牢蟾蜍、景东齿蟾、哀牢髭蟾、拟齿蟾、老挝后棱蛇为本区特有。保护对象是以亚热带山地和云南特有树种景东石栎、木果石栎、倒卵叶石栎等为优势的中山湿性常绿阔叶林生态系统以及黑长臂猿、绿孔雀等众多的野生动植物和国际候鸟通道。

区内的中山湿性常绿阔叶林是中国亚热带地区保存面积最大、人为干扰最轻的一片山地常绿阔叶林。